Cu ajutorul Rezonanței Magnetice se pot investiga patologii de la nivel cerebral, vertebro-medular, musculo-scheletal, cardio-vascular și abdomino-pelvin. RMN este modalitatea imagistică de selecție pentru detectarea leziunilor de la nivelul articulațiilor, fiind singurul examen noninvaziv care oferă o imagine detaliată a structurilor precum meniscuri (genunchi), ligamente sau tendoane. Pentru examinarea glandelor mamare, complementar ecografiei mamare și mamografiei, se efectuează examen IRM, ce poate diferenția uneori între leziuni maligne sau benigne și poate detecta leziuni multifocale. Uneori este necesară administrarea de substanță de contrast intravenoasă, pe bază de Gadolinium, dar riscul și gravitatea reacțiilor alergine sunt mult reduse comparativ cu cele dezvoltate la substanța de contrast iodată. Fiind o metodă neiradiantă, se poate efectua de către femeile gravide în ultimele două trimestre de sarcină, în special pentru eventuale malformații ale fătului evidențiate la examenul ecografic.